本站因地方需求，於民國65年5月19日成立嘉義民航候機室，開始民航運輸服務， 初期由中華航空公司飛航台北嘉義縣，每周往返各三班。航站設施係借用空軍基地會客室， 占地約20餘坪，提供旅客候機及行政辦公使用，後因旅客日益增多，不敷使用， 經再與空軍基地協商，借到木造庫房一棟，經予修改使得暫解困境。

本站第一期航廈於民國66年7月16日開工至同年12月18日完工，並於67年元旦正式啟用， 因經濟蓬勃發展，航空市場需求大增，政府執行開放天空政策，國內航線除原有中華、遠東、 台灣、永興等航空公司外、陸續增加大華、復興、馬公、長榮、中亞等多家航空公司加入市場營運。 大華航空公司於79年7月1日取代中華航空公司經營嘉義至台北航線、及嘉義至馬公航線初期飛航家北縣每日往返2班， 嘉馬線每周3班。後因鐵路及高速公路、平面聯絡道路等陸路運輸不敷使用，航空運輸迅速快捷之特點使得嘉義台北航線營運量迅速成長， 營運量由83年之545,501人次地增至84年之754,948人次，除大華航空公司不斷增班外，復興、遠東、 國華航空公司亦於83年相繼加入嘉義台北航線營運，以紓解旅客人潮。本站第二期航廈繼於84年2月擴建， 於84年11月完工啟用至今。

本站營運量由83年之545,501人次、84年之754,948人次、85年之1,002,069人次呈鉅額成長情形， 85年本站營運量突破100萬人次，達成民用航空局航空站升格為丙種站之標準，本站及餘86年升格為丙種航空站。

本站旅客營運量於86年達到1,043,695萬人次，為本站歷年來營運量最高峰，後因國內公路交通改善、 台塑麥寮六輕廠完工、油價上漲、機票漲價、國內經濟環境等因入影響， 旅客營運量由87年之909,865人次漸次下降至93年之380,159人次後近年來均保持再30餘萬人次。 航線維持在嘉義往返澎湖、嘉義往返金門等二條航線，航空公司則僅剩立榮航空公司一家經營。